(一)财务管理水平不足

    很多事业单位并不关注财务工作。财务工作的开展是以会计工作为基础的，不理解财务管理工作开展的意义，无法使财务工作的作用得以充分发挥。会计信息的精确性程度不足，所以相关的财务工作准确度不能得到充分的保证。由于事业单位的预算规范化程度不足，预算开展不严格，固定资产管理比较混乱。在预算的编制中，往往将上一年的预算进行简单的增量相加，并没有兼顾氏期的资金支出需要;一直以来，固定资产的管理秩序混乱、交叉使用现象出现频率高，闲置浪费现象严重，问题的处理规范化程度不足。资金的使用仅仅关注效率，没有兼顾到单位的权益。

    (二)财务专业能力参差

    新财政税务制度的应用，对事业单位财务工作者提出了新的要求。他们必须掌握新的会计理论，应对新的工作挑战。现阶段事业单位中，部分财务人员没有财经专业学习背景，没有取得职业资格，取得会计师资质的人较少。财务部门年龄结构不合理，年纪大的员工相对数量更多，业务能力不能满足工作需要。当出现复杂程度较高的、难度大的问题，财务部门无法妥善解决。部分会计人员凭借经验完成工作，在新的财务政策出台后，没有及时更新知识体系，没有及时补充理论知识，不能很好地适应新的工作环境。

    (三)内部控制水平低

    部分事业单位对于内部控制缺乏清晰的认知，将内部控制看作是表面上的工作，没有将其作为一个有效的管理方式和手段。财务部门与业务部门之间的工作没有互通。业务部门没有掌握预算和财务管理的关键点，项目申报预算不合理。财务部门没有掌握项目的实际状况，仅仅是对预算进行简单汇总和加和，没有关注合理性，这就可能引发项目资金浪费和资金不足等问题。内部控制和财务工作之间无法衔接，仅仅注意控制，忽视了管理。没有与内部审计相关的职能，缺乏相应的机制来监督部门的工作状况。

    (四)财务管理理念落后

    行政事业单位管理者往往将卞要的工作精力放在单位的统筹规划和发展战略的制定方面，没有意识到单位的成本管理和核算工作的重要性，对这方面的认知还十分有限，这就导致财务管理工作中存在很多不足之处。新的财政税务制度新增了很多会计科目，计提折旧摊销、单独分类公共服务资产、在应收账款的价值核算中引入备抵法，诸多的变化对事业单位的财务工作者提出了较高的要求，必须要对会计政策有一个深入、全面的理解，摆脱传统的管理理念，在此基础上推进财务管理水平的提升。

    (五)财务核算无法反应资产及费用

    现阶段，我国事业单位在进行会计核算的过程中，其基础核算内容是收付实现制度，因此事业单位难以将真实的单位资产负债以及资金的使用情况反映出来。在新的会计制度投入使用之前，事业单位自身的资产核算难以衡量。因此政府在编制相关财务工作时存在着一定的阻碍作用。

    (六)预算体系不健全

    随着政府会计制度的改革，事业单位逐步建立了独立化的财务管理体系，更加关注财务信息和预算信息。在新财政税务的落实过程中，实现了财务预算和财务管理工作水平的提升，以此作为基础，对会计账目的收付状况进行科学的协调，保证账目与国家管理标准相一致。在以往财政税务制度的应用中，事业单位对于固定资产的采购一般都通过预算支出的方式来执行，但是在折旧管理中并没有涉及这部分的内容。在新的制度推行过程中，事业单位将固定资产的购置状况引入到计提折旧和待冲基金当中。

    (七)信息化建设单一

    在以往事业单位的财务管理当中，尽管引入了会计信息化管理体系，但是在实际的应用过程中管理功能并不全面，单一化程度高，并不能实现会计信息共享。第一，在新的会计制度应用背景卜，事业单位的财务管理都是通过平行记账的方式进行的，会计核算并不具有共享性和兼容性。因此，不仅导致了重复性的工作，同时也影响了财务管理的效率和质量。第一，在新的会计制度卜，事业单位要逐步完善会计记账、报表和分录等工作流程，将现代化的技术方法引入到收支差异核算、净资产变动差异核算、预算结余当中。新的会计制度的应用推进了事业单位的信息化建设，从事业单位的层面分析，一方面构建了现代化的财务管理体系，另一方面提升了财务数据的准确度，辅助财务工作者实现动态化资金管理目标。